A Csömöri-patak 200 méter körüli magasságban ered a Kistarcsa–Kerepes–Csömör hármas határához közel, attól délre. Ez a települési határvidék tulajdonképpen a Gödöllői-dombság pereme. A forrás- és patakvölgy a Zsellér-páskomnál (egykori közös legelő) kezdődik, majd déli irányban a Szőlők mögötti-dűlő és a Strand mögötti-dűlő között húzódik le egészen a településig. A forrásoktól a fóti közigazgatási határig 7,4 km utat tesz meg a víz, ezen belül belterületen 1,9 km hosszan halad a patak. Összesen 14 kiépített átkelési lehetőség van a csömöri szakaszon; ebből négy közúti, nyolc gyalogos, kettő közúti gázló.
Eleinte mély völgyben folyik a patak, dombvidéki jellegű, viszonylag nagy esésű, a legtöbb helyen sóderos, finomkavicsos medrű. A régebben nagyobb vízhozamú pataknak jellemző halfaja volt ezen a szakaszon a kövicsík. A faluba érve folyása lassul, majd a településről kilépve teljesen síkvidéki jellegűvé válik. Káposztásmegyeren egyesül a Mogyoródi-patakkal, így torkollanak be együtt nem sokkal arrébb a Szilaspatakba, majd néhány száz méter együttfolyás után érik el a Dunát. A Csömöri-patak (a XIX. sz. végétől földhivatali nevén Forrás-patak) rendkívül fontos volt a történelem folyamán.
Településünk minden elődje a partján épült. Kr. e. IV. században a „kelta Csömör” a Strand mögötti-dűlőbe, a Kr. u. III-IV. századi „szarmata Csömör” és a X. századi már magyar falu a Káposztásokba, az Árpád-kori pedig közvetlen a patak fölött, a Kálvária-hegy oldalába települt.
A patak vize több forrásból ered, legtöbbjük szivárgó. A források területe – mint minden legalább 5 liter/perc vízhozamú forrás – a törvény erejénél fogva védett. Az itt eredő vizek
egykori tisztaságára jellemző, hogy a falubéliek a múlt század elején még ivóvízért jártak ide, a hajdani strand fölötti forráshoz. Nemcsak itt a forrásvidéken, hanem a Bulgárkert és az Ulicska közötti szakaszon is léteznek még kisebb források, melyek az 1862-es térképen is jól láthatók.
A források mellett a patakvölgy is helyi védettséget kapott 2005-ben a belterületi határig.
Atermészetszerű élőhelyeket rejtő terület 20,8 ha nagyságú. A völgyben fehér és fekete nyárfák hatalmasra nőtt, gyönyörű példányaival találkozhatunk, de megnő itt a homoki árvalányhaj és a védett budai imola is. Az állatok közül gyakori a fülemüle, énekes rigó, zöldike, tengelic, kardos lepke és a fürge gyík. A sűrű bozótosban megbúvó ivóvízért járnak ide vaddisznók, őzek és mezei nyulak.
Fontos megjegyezni, hogy az orchideáival és más védett növényeivel, ritka énekes- és ragadozó madaraival nagy természeti értéket képviselő csömöri ősláp és legelő is szerves része a patakvölgynek.
